Esther Fluor-Baumberger ist in Luzern geboren und aufgewachsen. Nach der Matura begann sie an der Universität Basel ein Studium mit Musikwissenschaft, Germanistik und Spanisch. Der Wunsch, sich vertieft mit der Musik zu befassen, führte sie an die Schola Cantorum Basiliensis, wo sie 1990 das Lehrdiplom für Blockflöte erwarb.
Während diesem Studium beschäftigte sich intensiv mit dem Spiel historischer Doppelrohrblattinstrumente (Barockoboe, Schalmei und Dulzian) und absolvierte anschliessend ein zweijähriges Aufbaustudium bei Katharina Arfken an der Musikhochschule in Trossingen mit barocker und klassischer Oboe.
Esther Fluor-Baumberger hat als freischaffende Musikerin in verschiedenen auf historische Spielpraxis spezialisierten Orchestern bei Konzerttournéen und CD-Aufnahmen mitgewirkt wie dem Freiburger Barockorchester, Les Talens Lyriques (Paris), La Stagione Frankfurt und dem Orchestra La Scintilla Zürich. Zurzeit arbeitet sie regelmässig mit dem Ensemble Cantus firmus Solothurn, dem collegium musicum Luzern, dem Bach Collegium Zürich, der klassischen Bläseroktettformation der Zuger Kammersolisten sowie dem Ensemble Le Souper du Roi.
Sie unterrichtet Blockflöte an der Kantonsschule und an der städtischen Musikschule Solothurn.